Cómo eliminar registros de mongoDb de consulta entre varias colecciones

Si para filtrar los datos que necesitas eliminar, necesitas unir varias tablas, lo mas sencillo es hacer una consulta con el aggreate(), comprobar que realmente devuelve lo que necesitas:

db.getCollection('TablaA').aggregate([
   { "$lookup": {
     "from": "TablaB",
     "foreignField": "idB",
     "localField": "idA",
     "as": "alias_tablaB"
   }}
]).forEach(function(doc){
 printjson(doc._id) // lo que quieras comprobar.
})

y despues añadirle el comando remove a cada doc que quieres eliminar:

db.getCollection('TablaA').aggregate([
   { "$lookup": {
     "from": "TablaB",
     "foreignField": "idB",
     "localField": "idA",
     "as": "alias_tablaB"
   }}
]).forEach(function(doc){
 printjson(doc._id) // lo que quieras comprobar.
 db.getCollection("TablaA").remove({ "_id": doc._id });
})

y listo! Facil y seguro.